La historia del Museo de Arte Moderno de Bilbao durante la Guerra Civil y los inmediatos años de posguerra es la historia de una ausencia. Durante la contienda bélica el centro cerró sus puertas, trasladó sus obras a un lugar más seguro y, seguidamente, las evacuó a Francia por decisión del Gobierno Vasco, que se ocupó de su salvaguarda.
En Francia una parte de la colección se trasladó a París, donde participó en exposiciones en distintas ciudades europeas. Las autoridades judiciales francesas embargaron el resto de obras que llegaron al puerto de La Rochelle, donde fueron objeto de un largo proceso judicial entre quienes reclamaron su propiedad: el Gobierno Dictatorial que estaba constituyéndose, por una parte, y los gobiernos de la II República y de Euzkadi por la otra.
Finalmente, entre 1939 y 1941, la colección del museo regresó a Bilbao. Sin embargo, los fondos continuaron ausentes, almacenados en diferentes depósitos, hasta que en 1945 se inauguró el nuevo edificio destinado a albergar y exhibir las obras.